可見，這議罪的過程中，各種的權力爭鬥和利益平衡是多麼的艱鉅！
但是，最終內閣還是拿出了一份議罪的章程出來。
在這份議罪的章程出來以後，申時行就神情激動滿眼血絲的舉着這份議罪章程到了慈慶宮來。
等了好幾天的朱常洛,他神清氣爽的接過申時行呈上來的議罪章程，然後又關懷備至的對着申時行說道：“申先生辛苦了。孤有申先生這樣的忠誠之臣輔佐，是孤之大幸，是父皇之大幸。”
申時行感動的回道：“臣不敢。能給殿下盡忠是臣的本分。”
朱常洛微笑道：“申先生請起。”
然後，朱常洛就開始翻開申時行呈上來的議罪章程，看看內閣和這些六部九卿們到底是怎麼給這五百一十八人議罪的。
朱常洛看到開篇第一頁，也就是薊鎮案的罪首前總兵王保的議罪。
對王保的議罪，內閣和六部九卿的議罪是最重的,他們的意見都是要處王保凌遲加夷九族的罪過。
看着如此凌厲的議罪結果，朱常洛第一次感受到了權力的可怕！
接着朱常洛繼續翻看，到了石星和御史馬文卿的議罪結論，朱常洛看到內閣和六部九卿給他倆的議罪結論是夷三族。
看到這個結果，朱常洛不由得擡頭看了申時行一眼。
朱常洛說道：“古語有言，刑不上大夫。雖說這話是腐朽之言，但士大夫的臉面朝廷還是要顧忌的。夷石星馬文卿三族的議罪是不是有點過重了？”
申時行聽到朱常洛的話後，他立刻說道：“殿下，對石星和馬文卿的議罪是內閣和六部公卿們一同作出的結果。石星欺君罔上，勾結倭寇，致使君父顏面盡掃，使得倭寇二次侵朝，導致朝廷二次參戰在朝，其害之甚，千古未有！馬文卿身爲朝廷御史，本應監察風紀,維護朝廷法紀，但他卻利用朝廷給他的職權,勾結王保，殺良冒功，騙取朝廷軍費以自肥，且欺壓軍戶爲奴，對薊鎮之害視而不見，更成爲其罪惡的保護傘。夷其三族已經是寬宏大量！”
朱常洛哦了一聲，繼續往下看，接下來的議罪中，兵部和戶部的三位三品侍郎兩個處以斬刑，一個處以流放，而其他品級低等的官員們，文官出身的幾乎都是流放抄家或者免職的處罰。
而武官出身的那些軍鎮將官們則幾乎都是斬立決的處置。
看到這個結果，朱常洛也明瞭這到底是怎麼回事。
畢竟，文尊武卑的觀念在這個時代，還是非常嚴重的，它已經是深深的鐫刻到了這個時代人的骨子裏去了。
所以，對武官犯罪的處罰相對嚴重的結果，也是可以理解的。
但是，這對樣明顯待有偏頗的議罪結果,朱常洛還是有些不滿的。
朱常洛說道：“薊鎮的涉案軍官是不是殺的有點過重了。孤看到有些涉案人員職級不過小旗，貪腐銀兩也不過僅爲數兩,但是在量罪之中，卻被處以斬刑。是不是有些重了？”
申時行聽到朱常洛這話以後，申時行說道：“殿下，涉案者雖爲小旗，但其害亦不在總兵官之下，他們手中權力雖小，職務雖低，可幾乎個個手裏都有一紙難書之罪過。這些小旗們他們日常欺壓軍戶爲奴，私賣朝廷軍械，目無法紀，其害之甚，猶難恕之。”
朱常洛沉默了。
這是爛到了骨子裏啊，一個小小的不入流的小旗，竟然也能幹起欺壓軍戶，私賣朝廷軍械的勾當。可想而知，這整個大明的軍鎮到底還有多少骯髒齷齪的事情沒有被爆出來。
朱常洛說道：“一個小旗竟然都如此猖狂，可見薊鎮之害已甚於虎。然孤以爲，小旗都能如此張狂，其根本就在於薊鎮高層的敗壞，他們帶頭破壞了朝廷的法度，下面的人自然也就有樣學樣。所以，當下要考慮的就是此案結束以後，如何重新管控軍鎮。這一點，內閣可有章法？”
這一下子就戳中了申時行的短板，申時行他可沒有過地方主政經驗，也沒有過邊鎮管理經驗。
猛然的面對朱常洛這一發問，申時行只能說道：“臣會和內閣商議出一個章程，然後着令兵部，都察院和五軍都督府從嚴監督軍鎮事務，防止再有貪腐之徒，欺上瞞下，敗壞衛所。”
朱常洛嘆息一聲，顯然他不滿意這個回答。
如果，只靠着兵部，都察院和五軍都督府的監督就能把軍鎮給管理好，那麼大明的衛所制也不至於被敗壞到這般田地。
顯然，原來的那一套行至今時，早就破敗不堪，不能承擔大用了。
但是，這些話朱常洛也不能跟申時行講。
朱常洛說道：“這份議罪的章程就先放在孤這裏，等孤奏明瞭父皇，待父皇聖裁以後，孤就下令內閣終結此案。”
申時行聽到這話後，他不由的鬆了口氣，這件事總算是快要結束了。
“殿下聖明。”
朱常洛聽着申時行的這句聖明，他不由得笑了。
朱常洛道：“聖明不聖明，孤說了不算。但是這次薊鎮的事情和石星等人的罪過，讓孤明白了一個道理。孤覺得靠着現行的都察院和六科給事中的職能，他們並不足以起到監察百官，糾正朝廷風氣的作用。所以，孤決議新設廉政署和反貪署，此二署分別設置於內閣和都察院之下。內閣主管廉政署，司署長官暫由鍾化民擔任。都察院主管反貪署，司署長官由董其昌擔任。申先生以爲如何？”
申時行沒想到朱常洛一張口就要設置出兩個新衙門，這好像與朝廷制度不合。
但是，等到申時行擡頭看到朱常洛的目光時，申時行立刻回道：“臣無異議。”
朱常洛微笑道：“好，那孤就把此事稟報父皇，兩署的設置工作和品級職責就暫由內閣梳理。”
申時行回道：“臣遵旨。”
到了這個時機，朱常洛也終於開始把自己的手往朝廷事務中插了。
這次的薊鎮案雖然牽扯甚大，但也已經證明了朱常洛的控局能力，他雖然一直沒有說過什麼話，但是，申時行和內閣其他兩位閣老都清楚，薊鎮案之所以能查到現在這個地步，其實都是朱常洛的授意。
所以，兵部和戶部纔會有三個三品侍郎落馬。
現在的兵部已經徹底成了李成梁的一言堂，而李成梁想要繼續坐穩兵部，他就只能拼死效忠朱常洛。
不然，以他的出身和這場牽連甚廣的薊鎮案帶來的反噬，李成梁是萬萬承受不住的。
所以，六部之一的兵部實際上是已經把朱常洛控在了手裏。
而且，還有工部，現在的工部因爲正和西山皇莊合作的緣故，沈思孝也是唯朱常洛馬首是瞻，由此，六部之一的工部也在朱常洛手裏了。
還有現在正要準備擴大的順天府，其實也已經被朱常洛納在了手中，朱常洛以直隸總督的名義，可以直接到順天府發號施令，順天府尹房守士爲報朱常洛的知遇之恩，他對朱常洛也是亦步亦趨。
由此，一場薊鎮案下來，朱常洛在無形之中已經在毫無根基的朝堂中，佔據到了萬曆皇帝努力了二十多年都未曾達到的高度。
從此案以後，朱常洛纔算是名副其實的監國皇太子。不然，他也不能張嘴就要設立兩個新衙門出來的。這都是實力的體現！