可以說，主宇宙的歷史就是戰爭的歷史……最初之時，有主宇宙的黃龍獸在位，鎮壓天地，可是一陣詭異的波動自虛無中來，摧毀了正在逐漸形成的秩序，六顆神祕的無限寶石一同降臨，黃龍獸的時代就此逝去，天下亦開始大亂。
在那之後，最初的數碼獸們分爲了高階天堂與烈焰地獄兩個陣營，彼此之間攻伐不斷，千百年來戰火始終沒有熄滅過，人形與獸形之間的矛盾也在那時悄悄埋下了隱患，隨着時光的流逝，這樣的矛盾終於是再也無可調和，以最糟糕的形式爆發了，三大天使內戰，高階天堂分裂，基路比獸帶領獸形出走，這纔有了後來的無限森林，天堂與地獄雙方均在這場衝突中損失慘重，之後更是有奧創憑空降臨，拉開了奧創紀元的序幕，將整個主宇宙，不，是整個多元宇宙都拉入了一片恐怖之中，當然也是在那時，超越者再現，引導着名爲小光的少年降臨此世，這次有了他後來傳奇般的經歷。
此後的主宇宙又先後經歷了光暗大戰，基路比獸叛亂，木偶獸暴走，黑暗虛空入侵，遠征阿撒託斯，小光與啓人，奧創的內戰等等事件，可以說，戰火不但沒有減少反而還越來越多，這樣的主宇宙早就已經被連續不斷的戰火折磨的疲憊不堪了，經歷了這麼多之後，存活下來的數碼獸數量已經十分稀少，最後大家都聚集在了無限森林的世界之樹諾達希爾附近，原本的天堂地獄等地都漸漸變成了荒無人煙之地，至於其餘地方就更不用說了，如此之大的一個世界……卻毫無生氣可言。
不過情況到了現在終於有了改變，首先是小光和木偶獸從創世黃龍的世界迴歸之後就帶回了一大批人來，包括了那個世界的四聖獸在內，還有許多其他的數碼獸們，大家都是原本創世黃龍的國家，也就是萬國的居民，自從創世黃龍隕落之後，他們也算是失去了家園，原本美好的天地大同模式的生活也是一去不復返了，他們整天都生活在唯一四聖獸和人類李璇微的陰影之中，那恐怖的玄黃氣息，一卷之下萬物皆無……就是這樣終日看不見希望的日子，直到小光和木偶獸的到來才結束了，這二人帶給他們帶來了一些微小卻難得的安全感，畢竟他們可是跟創世黃龍一起打敗了高階隱祕存在深淵之手的英雄，也只有他們纔有可能抵禦唯一四聖獸和李璇微的再次來襲了。因此，他們幾乎沒有人反對移民到主宇宙來，在這裏，他們也開始了新的生活，很快就和本地的居民們打成了一片，漸漸的遺忘了那些恐怖的回憶……創世黃龍之前十分珍愛，養育的那些花草植物也一併被帶到了主宇宙，種植在了世界之樹諾達希爾之上，由世界之樹爲它們提供豐厚的養料，被這個世界的兩大天使和外來的四聖獸一同輪流照顧着，並且由於主宇宙的四聖獸也已經不復存在了，這倒是剛好給了外來的四聖獸提供了位置。
話說回到主宇宙這邊來，黑光和阿爾法獸迴歸之後，又帶了唯一04位面的許多數碼獸們，黑光當時救下的數碼獸數目其實非常驚人，在發動地爆天星的同時，黑光就已經悄悄開闢了一個獨立的正常空間來保護他們，而那些效忠唯一光明獸的傢伙則在之後的餘波中被徹底毀滅，這樣一來黑光救下的數碼獸居然足足有數千之多，不說整個數碼世界正常居民的全部，但至少七八成的數量卻是有了的，再加上阿爾法獸保護下的兩大天使和其他高級別指揮官數碼獸，這一下又給主宇宙擴充了極大數量的人口，值得一提的是，來自唯一04位面的兩大天使在得知了主宇宙也有兩大天使之後，很快便聯繫到了他們，雙方經過商量之後決定融合，保留下彼此人格和記憶的同時，直接在數碼核的層面上彼此融合，這樣一來他們的實力獲得了大幅度的提升，如今的兩大天使在沒有修煉的情況下實力也已經達到了超究極體的頂點，也就是隱祕存在的臨界程度，而且還多了唯一存在的機緣，接下來只需要小光的些許幫助，他們自己再進行一些修煉的話，成就隱祕存在就可以說是板上釘釘的事了。
這就是目前的主宇宙大體情況了，奧創紀元和連年征戰帶來的創傷正在變的越來越微小，主宇宙的一切都在向着欣欣向榮的方向發展着，而爲了對抗將來可能出現，或者說必然發生的對敵聯盟的決戰，以及最後的世界樹之戰，只靠小光他們這些強者還是不夠的，兵對兵，王對王，主宇宙有了王卻沒有兵，爲了解決這樣的問題，繼承了奧創留下的絕大部分資源的無限龍獸，或者應該說現在的混沌龍獸X，和鋼鐵海龍獸這二人再度開啓了燃燒軍團計劃，準備再次籌備一個由邪鑄之後的邪能數碼獸所組成的軍團……