●■●隆慶二年(1568)，被立爲皇太子，當時年方六歲。翊鈞少年聰慧，穆宗曾馳馬宮中，他進諫道：“陛下爲天下之主，獨騎而騁，寧無銜橛憂。”穆宗大喜，下馬大加撫慰。陳皇后病居別宮，翊鈞每晨隨母前往探問，皇后每聽到腳步聲就高興起來，並掙扎着坐起，取出經書考問他，翊鈞總是高聲回答，其母李貴妃也十分高興，兩宮因此而越來越和睦。
■隆慶六年(1572)五月，穆宗駕崩。
六月初一，日食。初十，朱翊鈞繼承皇帝之位。定第二年爲萬曆元年，頒詔大赦天下。在鄉間祭祀建文朝盡節諸臣，有子孫後代的加以恤錄。十六日，罷免高拱。二十三日，高儀死去。二十八日，禮部尚書呂調陽兼任文淵閣大學士，參預機要事務。
秋七月初四，漕運初通至密雲。初七，考察京師官員。十五日，告誡朝廷諸臣“：近年來，士習慣於澆薄，爲官之禮法被削弱，誣衊老成爲無用，驕狂者便佞爲有才。於是使朝廷賦予的權力，僅僅成爲人臣報復的資本。雖需要加以懲戒，但我都予以寬恕。諸臣應力改前過，共維新政。若仍沉溺於故習，背公徇私，獲罪於祖宗，朕不敢赦免。”十七日，尊稱陳皇后爲仁聖皇太后，李貴妃爲慈聖皇太后。
八月初五，祭祀大社大稷。
九月十一日，將莊皇帝安葬於昭陵。
冬十月初六，侍郎王遴、吳百朋、汪道昆分別巡視邊防。初八，中止行刑。
十一月十三日，河工完成。
十二月初九，賑濟榆林、延綏饑荒。二十二日，以穆宗駕崩不久爲由，下詔免設元夕燈火及宮中宴席。
●■●萬曆元年(1573)春二月初二日，聽取經筵講解。
三月十六日，詔令內外官員舉薦將材。
夏四月十六日，潮、惠賊寇被平定。二十一日，天大旱，諭百官修身反省。
五月初五，詔令內外官員慎重進行刑獄之事。
六月二十四日，賑濟淮安水災。
秋七月，黃河在徐州決口。
九月初六，賑濟荊州、承天及濟南災害。初九，四川都掌蠻被平定。二十六日，中止行刑。
冬十一月初四，朱翊鈞詔令諸司訂立章程限制文書上報時間，以防延遲緩慢。
十二月十三日，賑濟遼東饑荒。
■萬曆二年(1574)春正月十八日，朱翊鈞在皇極門召見朝覲廉能之官。
二月初九，賑濟四川被賊寇侵擾諸縣。
三月十八日，賜予孫繼皋等人進士及第以及其他不同的出身。
夏四月二十二日，朱翊鈞詔諭百官行久任之法。
五月二十八日，穆宗牌位附於太廟。
八月二十八日，賑濟山西災害。二十九日，賑濟淮、揚、徐水災。
冬十月十三日，審理囚犯。二十六日，上朝辦公審閱選官制度。
閏十二月二十日，下詔免去第二年元夕燈火。
當年，琉球前來朝貢。
■萬曆三年(1575)春正月初七，祭獻太廟。
二月初九，祭祀大社大稷。十二日，詔令南京職務應精簡爲宜，官吏不得虛佔其位以充數。二十七日，開始命日講官分別記注起居，纂輯章奏，臨朝值班。
五月初三，淮、揚生大水災，於是他詔令審察二府官吏，罷免了有貪污等老毛病的官員。
六月初一，浙江海潮氾濫。十一日，命撫、按官員，官吏是否賢能一併舉薦和彈劾，不得偏重甲科進士。
當年夏天，蘇、松、常、鎮普大水。
秋八月十一日，禮部侍郎張四維被升爲禮部尚書兼任東閣大學士，參與機要事務。十二日，黃河在高郵、碭山決口。二十三日，朝廷免除淮、揚、鳳、徐等生水災之地的田租。
九月二十三日，京師生地震。
冬十月初三，京師再次地震，命羣臣修身反省。初四，中止行刑。
十一月十一日，朱翊鈞在京城南郊祭天。
十二月初七，朱翊鈞又詔諭免去第二年元夕燈火。
這一年，有安南、琉球、暹羅、土魯番前來朝貢。
■萬曆四年(1576)春正月二十三日，遼東巡按御史劉臺因談論張居正被逮捕入獄，削除官籍。
夏五月十六日，祭祀地於北郊。
六月十九日，又遣內臣監督蘇、杭織造。
秋七月初六，朱翊鈞詔諭吏、戶二部清理吏治，並分別免除所欠賦稅，折十分之三成收取明年漕運糧。十一日，又派遣御史督修江、浙水利。十三日，興修泗州祖陵。二十日，完成草灣黃河工程。
八月初二，祭奠先師孔子。當年秋天，黃河在崔鎮決口。
冬十月十四日，賑濟徐州及豐、沛、睢寧、金鄉、魚臺、單、曹七縣水災，免除不同數量的田租。
這一年，有安南、琉球、烏斯藏、土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密前來朝貢。
■萬曆五年(1577)春正月二十一日，朱翊鈞詔令鳳陽、淮安大力號召墾田。
二月初七，賑濟廣西饑荒。
三月十八日，賜予沈懋學等爲進士及第以及其他不同的出身。
夏五月初六，廣東羅旁瑤被平定。
秋八月初八，黃河又在崔鎮決口。閏八月初一，日食，因陰雲而未見。
九月初二，重新起用張居正。
冬十月二十二日，因談論張居正因父喪事而穿素服辦公、不參加吉禮一事，編修吳中行、檢討趙三賢、員外郎艾穆、主事沈思孝等皆受杖刑，並分別被罷免和廢黜，甚至遭到貶謫和戍邊。二十四日，進士鄒元標被杖擊，進而將其戍邊。
十一月初一，朝廷以星位變化考察百官。
當年，有琉球前來朝貢。
■萬曆六年(1578)春正月，朝廷徵集民工修築黃河缺口堤岸。
二月十七日，免除兗、青、登、萊所轄地區的拖欠賦稅。十九日，冊立王氏爲皇后。
三月初三，禮部尚書馬自強兼任文淵閣大學士，吏部侍郎申時行兼任東閣大學士，參與機要事務。十三日，張居正因安葬父親而還鄉。