曾國藩本來在滿清的威望就極高，當地官員對他不敢不尊敬，另外聰明的滿清官員沒人想沾染這種麻煩事，因此一到天津，大家樂的聽曾國藩做主。
曾國藩到天津後，聽取各種人的說法，幾千老百姓之所以突然起來圍攻教堂，引發的原因是四五月間，天津發生了好幾起兒童失蹤案件。六月份，天津爆發了疫病，天津一些收養孤兒的洋人教堂育嬰堂中也死了不少嬰兒，教堂每天都去郊外埋人。
老百姓看到洋人不斷的埋葬嬰兒的屍體，很快一種由來已久的說法就流傳開來，都說洋人的修女殺死小兒做藥用。這時候恰好官府抓到了一個販賣兒童的人販子，而人販子交代說他把孩子賣給了教堂。
一下子天津人就怒了，本來對教堂就沒好印象，尤其是天主教，那些神父急切的想要傳教，因此對教徒不加分辨，良莠不齊什麼人都要。
同時天主教是一個從教皇到神父是一個嚴密的組織，從歷史上，他們就比較偏激，打擊過各種其他宗教不說，連新教他們都鎮壓過，向來有一種唯我獨尊的傲慢，加上這個時代的洋人比較強勢，在其他文明面前有一種傲慢，於是經常出現教堂神父利用治外法權來包庇他們的教徒。
可這些輕易拋棄傳統的文化，投靠教堂的人中，大部分是一羣痞子，慣常欺負人，加入教堂就是爲了仗勢欺人，結果大家將這些流氓無賴的恨，都轉移到了教堂身上。
老百姓原先就對他們沒好印象，現在更是相信他們在販賣兒童、殘害兒童，因此發生了包圍教堂的事情。
到現在還只是羣體性事件，還沒有發生暴力衝突，事情還有解決的餘地。如果此時清廷積極出面調查，還可以解釋。可是清廷的官員早就習慣了推諉責任，那種士大夫的責任心，早就離他們遠去了。所以一概的推諉。
洋人強勢慣了，法國公使豐大業要求當地官府驅逐百姓，當地官府再三推諉，尤其是跟縣令產生了爭執後，豐大業竟然直接開槍，縣令躲過去了，但是僕人被打死了。
洋人的蠻橫，讓清廷官府惱怒了，然後老百姓攻進了教堂，殺了神父、修女，打進了領事館，殺了外交官，如果說其中沒有官府的默認和推動，顯然是不可能的。
到了此時，教案才真正失控。
曾國藩瞭解了事情的原委後，他認爲，首要問題，是弄清楚洋人是不是真得拿小兒做藥的事實。其實曾國藩何嘗不明白這件事多麼不靠譜，清廷的聰明官員們也明白這個道理，所以沒人來，都看着曾國藩一步步捲進激流。
曾國藩請來當地的名望鄉紳，大家一起進入教堂搜查，沒有發現任何傳言中的現象，相反他們看到那些被丟棄的孩子，在這裏得到了最好的照顧，他們得到了食物，得到了醫治，唯一讓他們不太滿意的是，教堂一直在教育這些孩子信仰上帝。
但是那些充滿荒誕的傳言，一件都沒有，沒有用人眼睛做藥的事情。當然沒有這些事情，曾國藩來之前就知道不可能有這些事情。但他還是要來探查，一方面是用自己和這些有名望的鄉紳的眼睛，幫老百姓見證一番，在通過他們的口告訴大家真相。他相信老百姓，至少是那些讀書人是能夠明辨是非的。另一方面，曾國藩主要是想來探查一下誘拐兒童的事實，他不相信洋人用孩子做藥，但是他懷疑洋人爲了傳教，真的把兒童誘拐到這裏來進行教育。
曾國藩是一個至誠之人，這是內心的信仰，是他精神的支撐，他不會違背自己的精神，所以他認可了洋人的說法。
接着他向天津老百姓發出諭天津士民，先是讚揚“天津士民皆好義，各秉剛氣”，然後才批評他們沒有“迷拐之確證，挖眼之實據”便“徒憑紛紛謠言，即思一打泄忿”，教育天津人說“或好義而不明理，或有剛氣而無遠慮，皆足以僨事而致亂。”
其實就是勸告天津人不要無理鬧事，給國家惹麻煩。
接着曾國藩拒絕法國提出的要求處死天津提督陳國瑞及天津府縣官員張文藻、劉傑三人以抵命的要求，只以養病爲名將張、劉二人放回原籍躲避風頭，陳國瑞更是直接送往京城。
按理說，曾國藩選擇以息事寧人的方式，其實很附和中庸之道，各大三十大板，高高舉起輕輕放下，如果雙方各讓一步睜隻眼閉隻眼也就算了。尤其是官員，曾國藩認爲，如果在跟洋人的交涉中，隨意處死本國的官員，只會打擊朝廷的威信，同時造成官員在跟洋人接觸中畏首畏尾，不敢據理力爭的情況，這種情況其實在上海等口岸已經很普遍了。因此曾國藩不
肯殺官員。
可是清廷實在是太恐慌法國人發兵，尤其是內鬥太嚴重，曾國藩名氣雖然大，但往往這種名望越重的官員，遭遇的攻擊就越大，因爲攻擊這種人，是那些以彈劾人出名的清流言官最便捷的出名渠道。
尤其是一羣頑固派，向來毫無理智的想要盡滅夷人，他們聲言，天津百姓是爲了保護官員纔打死洋人的，說明天津百姓畏懼官員而不畏懼夷人，正好利用民意把京城的洋人也全都滅了。於是他們根本不顧曾國藩的調查，在口說無憑的情況下，硬說天津老百姓在教堂裏都搜出洋人挖的兒童眼睛了，曾國藩是意圖包庇。
慈禧看到頑固派的態度，也給曾國藩來信詢問，曾國藩明報說沒有發現。慈禧於是急着結案，生怕因頑固派的原因，導致事件擴大。
但是此時法國人根本不答應，一個肇事的人員都不懲治，別說法國人了，死了人的俄國、美國也不能答應。
見到洋人的態度堅決，慈禧等高層怕再次發生英法聯軍進北京的結局，急於解決危機，反而指責曾國藩有包庇犯官，想那幾個官員的腦袋平息了洋人的怒火。
曾國藩無法，只能派人將張、劉二人找回，錄下口供，押解刑部。最後，刑部判決將張、劉二人發遣黑龍江贖罪，刑部也不敢爲了洋人殺本國的官員。