後來大明政府跟法國達成了一致，撤回了進入越南的軍隊。
而到了琉球事件對日本用兵的時候，軍事集團已經很難壓制了，爲了壓制他們，朱敬倫將軍權移交給兵部，可是一段時間內兵部無力控制一個自成一體的軍事集團，在攻打日本之前，甚至出現了大批軍官集體向皇帝請願對日開戰的情況。
顯然軍事集團有強烈的依靠皇權得到更大行動自由的傾向。
朱敬倫則是反對這種傾向的，所以他始終堅持不繞過兵部跟軍隊有任何接觸。
這給了兵部大量操作的空間。
琉球事件結束之後，已經動員起來的軍隊，是一個巨大的不安定因素。兵部採用分化瓦解的方式，開始削弱軍事集團。
首先他們讓在日本作戰的文鳶，完成撤軍任務之後，就地留在日本，擔任駐日武官，給文鳶一個任務，讓他調查日本的軍事，查看日本有可能對大明的威脅。在戰爭中，被一些武士道日軍觸動的文鳶，對日本軍事力量也頗爲好奇，於是就接受了兵部的命令。
少壯派旗幟人物文鳶接受之後，就讓兵部的文官們打開了一個口子。開始一個一個的調走那些少壯派，江西軍區總兵陳濟世被派去俄國，讓他去調研俄國的軍事力量和潛在威脅。張開山被調去了法國，研究法國在普法戰爭後軍事力量的恢復情況，並且研究法國未來的越南政策。
少壯派四大旗幟人物中，只有福健軍區的鄧世才留在國內，繼續主持軍隊復員工作。
顯然這個鄧世纔是得到兵部文官認可的，朱敬倫稍微留心了一下發現，這個鄧世才還真的不一樣，他是唯一一個當時沒有聯名請願的高級軍官，顯然他的穩重作風，得到了兵部的認可。
除了三大旗幟被調走外，兵部還向美國、德國、奧匈帝國，甚至連南美一些小國都派去了武官，大量有旅歐資歷的少壯派中高層武官被調走，幾乎是一場軍事政變。與此同時，大批從大明軍校中走出來的軍官，開始走上軍官崗位。
悄無聲息間，兵部清洗了軍隊中的少壯派勢力，而在這個過程中，除了文鳶一開始的服從之外，後來陳濟世等人都掙扎過，將事情鬧到了朱敬倫這裏，朱敬倫支持了兵部的決定，安撫了他們。
之後在鄧世才的積極配合下，兵部順利的完成了軍隊的復員，大明軍事機器再次轉入和平狀態。
解決軍事集團的情況表明，大明文官集團不但已經擁有了獨立的思想意識，而且已經錘鍊出了成熟的政治手段。
現在他們開始頻頻抵制皇權的干涉了，已經不再是過去那個對皇權唯命是從
的公務員軀體，而真正形成了政治勢力。
朱敬倫選擇了第二條，但是對於經濟危機期間的政府投入刺激方陣，他還想爭取一下。
跟陳芝廷等官員商談了一番，告訴大家，經濟危機已經初露端倪，明年很可能全世界的危機都會爆發，必須採取措施保護大明的工業。
提高關稅他們都認可，可唯獨讓政府增加投入，甚至是大規模負債進行投入，他們很難接受，他們擔心那樣會摧毀金融體系，得不償失。政府應該節省開支，穩定市場爲主。
朱敬倫努力將理念灌輸給他們，但是他們不肯接受，再三勸說朱敬倫改變主意。
朱敬倫知道，已經說服不了他們了，他們已經擺脫了對皇帝英明神武的迷信，就算朱敬倫強行推動，他們無法拒絕，但他內心不服，就不會積極配合，就會像上次鐵路公司上市那樣，陰行抵制，到最後受損的是整個大明經濟。
既然無法讓他們從心裏接受，與其鬧成皇權跟官僚集團的再一次對抗，那還不如同意他們的意見，從而維護文官政府的權威。
但朱敬倫不打算放棄在經濟危機中的積極行動，政府不出面，皇帝也可以出面，朱敬倫這個皇帝還是值幾個錢的。
他成功說服了陳芝廷等人，將很快推行一項政策，將大明所有的通商口岸統一管理，全部劃歸六部直屬。
大明的開放口岸衆多，除了個別滿清時代開放的口岸，比如潮州、廣州等之外，其他口岸都是大明主動開放的。包括東莞的虎門，香山的前山寨，順德的南沙，番禺的黃浦，南海的佛山，肇慶府的高要港，新會的港口區等等十幾個口岸。
這些口岸，依託海港、河港都已經形成了一定規模的現代城市，但是城市建設水平參差不齊，九龍港已經建立了所有的西方城市基礎設施，電報、電話，上下水道，城區馬路，公共交通，但是高要港區甚至連自來水都沒有。
這些港區，顯然是目前最城市化的地方，是大明工業區的核心，如果任由其自行發展，靠自己的財政逐步建設的話，發展會大大受到制約。
如果都能收歸中央直轄，在強大的中央財政的幫助下，會得到更好的發展。而且統一管理，能夠有效的促進港區聯動，一改現在各大港區自行其是的做法。
朱敬倫以統一管理能夠更好的對各港口的稅務管理，基礎設施建設帶來好處，從而繼續提高政府的財政收入水平爲由，很容易說服了陳芝廷他們，甚至他們也認爲這是一個好方法，之前沒想到，是因爲西方國家也沒這麼做過。
給這些港區新的名字是六部直屬埠區，將由六部直接派遣埠區官員管理，品級爲七品，相當於縣令。